「思い出して、翅（はね）があったころのことを」 1萬2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。 太陽と月と火星が出會うとき、新たな合體の調(diào)べが流れる──！ 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島學(xué)園〉はある。 學(xué)園には、全國から優(yōu)秀な子どもが集められ、 最新の機器を使った英才教育が施されていた。 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導(dǎo)かれ、サッコは叫ぶ──。 「想星合體！　GO、アクエリオン！」 繰り返される輪廻の果てに、現(xiàn)れた機械天翅アクエリオン。 宿命を背負った少年少女は、 得體のしれない団體〈宇宙たまごの會〉や大人たちの思惑が交錯す...